1973–2012 m. dėstė filosofiją Vilniaus universitete, 2003–2012 m. buvo filosofijos katedros vedėjas, nuo 2012 m. – profesorius emeritas. Lietuvos mokslų akademijos tikrasis narys nuo 2007 m. Atgimimo laikotarpiu profesorius aktyviai dalyvavo visuomeninėje veikloje, buvo vienas iš Liberalų sąjūdžio steigėjų 1990 m., ir šiandien garsėja savo aštriais ir kontraversiškais pasisakymais, kritišku požiūriu į daugelį politinių, visuomeninių, kūrybinių ar mokslinių procesų. A. Šliogeris išvertė į lietuvių kalbą Poperio, Haidegerio, Hėgelio, Šopenhauerio, Nyčės, Kamiu ir kitų žymių filosofų veikalų.

Filosofui būdingas hierarchinės visuomenės struktūros vertinimas, žmonių lygybės idėjos kritika. Pats jis nuolat prašo nevadinti jo filosofu ir sako: „Suprantu, kad mano kalbėjimas kartais pavadinamas kategorišku. Bet tokį apibūdinimą priimu kaip komplimentą, nes filosofinis kalbėjimas prasideda ten, kur atsiranda žodžiai, vadinami kategorijomis.“

Įvertinimai

1992 m. – Lietuvos nacionalinė kultūros ir meno premija.

2010 m. – Lietuvos mokslo premija už darbų ciklą „Negatyvumo problema filosofijoje (1996–2009 m.)“.