Jonas Basanavičius gimė 1851 m. lapkričio 23 d. Ožkabalių kaime (Vilkaviškio raj.), pasiturinčių ūkininkų šeimoje. 1873 m. baigus Marijampolės gimnaziją, tėvai primygtinai jam siūlė stoti į Seinų kunigų seminariją, tačiau, atsispyręs tėvų spaudimui, J. Basanavičius įstojo į Maskvos universiteto Istorijos-filosofijos fakultetą, o po metų perėjo į Medicinos fakultetą. Dar studijų metais J. Basanavičius domėjosi Lietuvos istorija, rinko tautosaką, parengė lietuvišką elementorių (bet negavo leidimo jį spausdinti).
1879 m. J. Basanavičius baigė universitetą ir gavo leidimą verstis gydytojo praktika. Ieškodamas darbo kreipėsi į studijų laikų draugus bulgarus, 1880 m. jam buvo pasiūlyta Lomo miesto (Bulgarijoje) vyriausiojo gydytojo vieta. Porą metų ten sėkmingai darbavosi, modernizavo ligoninę. 1882 m. atsisakė darbo Lome, keliavo į Zagrebą, Belgradą, pusmetį gyveno Vienoje, trumpam grįžo į Lietuvą (bandė išgelbėti brolį nuo tarnybos caro kariuomenėje), beveik porą metų gyveno Prahoje.
Šis poros metų klajokliškas laikotarpis – laimingiausias J. Basanavičiaus gyvenimo etapas. Keliaudamas jis kaupė istorijos žinias, susipažino ir susirašinėjo su daugelio šalių tautinio atgimimo veikėjais, žymesniais Lietuvos visuomenininkais. Prahoje gimė ir pirmojo „Aušros“ numerio rankraštis, paštu išsiųstas į Ragainę ir ten išspausdintas 1883-ųjų balandžio mėnesį.
Prahoje J. Basanavičius sutiko ir savo gyvenimo meilę – Čekijos vokietaitę Gabrielę Eleonorą Mol. 1884 m. balandį jie susituokė Vienoje. Deja, jau netrukus po vestuvių Eleonorai pasirodė pirmieji džiovos požymiai. Sukūręs šeimą J. Basanavičius vėl kreipėsi į kolegas bulgarus dėl darbo, gavo gydytojo vietą Elenos miestelyje, 1885 m. grįžo į Lomą. Čia 1887 m. į jį porą kartų buvo pasikėsinta (spėjama, dėl politinių priežasčių), kulka įstrigo prie stuburo ir niekada nepavyko jos išoperuoti. 1889-sias ant jo rankų mirė žmona. Likusį gyvenimą J. Basanavičius praleido vienas.
1891 m. jam suteikta Bulgarijos pilietybė, 1892 m. persikėlė į Varnos miestą, dirbo Varnos ligoninės terapinio skyriaus gydytoju, buvo kunigaikščio Ferdinando rezidencijos privačiu gydytoju, turėjo pažinčių aukščiausiuose valdžios sluoksniuose, buvo renkamas į Varnos miesto tarybą, rūpinosi miesto sanitarine būkle. Varnoje yra Basanavičiaus vardu pavadinta gatvė, 1892 m. jis apdovanotas Bulgarijos ordinu „Už pilietinius nuopelnus“. Visą laisvalaikį daktaras skyrė lietuvybės reikalams – rašė straipsnius į lietuvišką spaudą, leido tautosakos rinkinius. Carinė valdžia nedavė leidimo jam grįžti į tėvynę. Po lietuviškos spaudos draudimo panaikinimo, 1905-siais, jis grįžo į Vilnių be leidimo. Tais pačiais metais jo pastangomis įvyko Vilniaus Seimas, 1907-siais J. Basanavičius įkūrė Lietuvių mokslo draugiją (išliko jos pirmininku 20 metų), 1912 m. protestais gelbėjo nuo sugriovimo Gedimino pilį (caro valdžia buvo sumaniusi kalną panaudoti vandentiekio bokštui statyti). 1915 m. kartu su M. Biržiška įsteigė Vilniaus lietuvišką gimnaziją, dirbo joje gydytoju.
J. Basanavičius buvo 1917-ųjų Vilniaus konferencijos pirmininku, jis 1918-ųjų vasario 16-ąją pirmininkavo Lietuvos Tarybos posėdžiui, kuriame pats perskaitė Nepriklausomybės Aktą ir pirmas jį pasirašė.
1920 m. Vilnių okupavus lenkams, J. Basanavičius nesitraukė ir liko gyventi mieste, rūpinosi Lietuvių mokslo draugijos veikla, gynė tautiečių teises. Nors iškentėjo kratas ir policijos persekiojimus, tačiau baudžiamųjų veiksmų lenkų valdžia prieš jį imtis nedrįso. J. Basanavičius mirė Vilniuje 1927 m. vasario 16 d., palaidotas Rasų kapinėse.