Jokūbas Šernas gimė 1888 m. birželio 14 d. Jasiškių kaime (Biržų raj.), evangelikų reformatų šeimoje. Baigęs Nemunėlio Radviliškio pradžios mokyklą, įstojo į Slucko (Baltarusija) gimnaziją, iš kurios pašalintas už dalyvavimą revoliuciniame judėjime. 1910 m. baigė privačią Tartu gimnaziją, įstojo į Peterburgo universiteto Teisės fakultetą ir 1914 m. gavo teisininko diplomą.
1914 m. grįžęs į Vilnių, redagavo „Lietuvos žinias“, dirbo Lietuvių draugijoje nukentėjusiems dėl karo šelpti, buvo jos Centro komiteto reikalų vedėju. 1915-1918 m. dėstė istoriją Vilniaus „Ryto“ lietuvių gimnazijoje. J. Šernas buvo vienas iš Lietuvių konferencijos Vilniuje (1917 m. rugsėjo 18–22 dienomis) organizatorių, buvo išrinktas į Lietuvos Tarybą, jos generalinis sekretorius. 1918 m. vasario 16-ąją kartu su kitais devyniolika Tarybos narių pasirašė Lietuvos Nepriklausomybės aktą. Tą pačią dieną vietoje anksčiau atsistatydinusio Tarybos prezidiumo sudarius naują, J. Šernas tapo Tarybos prezidiumo sekretoriumi, šias pareigas ėjo iki 1919 m. kovo pradžios. Dirbo įvairiose Tarybos nuolatinėse ir laikinosiose komisijose: Valstybės ūkio, Teismų santvarkos įstatymui rengti, Kultūros paminklų saugojimo, Milicijai organizuoti, Antrajai valstybės konferencijai sušaukti.
1919 m. balandžio-spalio mėn. dirbusiame M. Sleževičiaus ministrų kabinete J. Šernas buvo ministru „be portfelio“. Lietuvos Taryba signatarą delegavo į Mažosios Lietuvos lietuvių organizaciją – Prūsų Lietuvos tautinę tarybą. J. Šerno pastangomis 1920 m. pavasarį į Lietuvos Tarybą buvo įtraukti trys Mažosios Lietuvos atstovai. Signataras nuolat ragino politinėmis priemonėmis siekti Klaipėdos krašto prijungimo prie Lietuvos. Klaipėdos krašto atgavimas – didele dalimi jo nuopelnas.
1925 m. J. Šernas organizavo savivaldybių departamentą (prie Vidaus reikalų ministerijos), tapo pirmuoju jo direktoriumi, 1923-1926 m. redagavo žurnalą „Savivaldybė“. Buvo Prekybos ir pramonės banko direktoriumi, priklausė Tautos pažangos partijai, aktyviai dalyvavo evangelikų reformatų bendruomenės veikloje.
1926 m. liepos 31 d. Jokūbas Šernas mirė Kaune nuo skrandžio vėžio, palaidotas Nemunėlio Radviliškio kapinėse. Vienintelis gyvas 1991-ųjų žudynių Medininkuose liudininkas, mūsų projekte pristatomas evangelikų reformatų kunigas Tomas Šernas – Jokūbo Šerno sūnėnas.
Įdomi ir tai, jog po signataro mirties jo antroji žmona Vera Fainbergaitė su sūnumi Jokūbu Bernardu išvyko gyventi į Prancūziją. Ten ji tapo rašytoja, o Jokūbas Bernardas Šernas dalyvavo Prancūzijos pasipriešinimo judėjime, vokiečių suimtas ir kalintas Buchenvaldo koncentracijos stovykloje, po karo tapo žymiu Prancūzijos aktoriumi (Jacques Sernas), nusifilmavusiame net 85 kino filmuose. 2004 m. jis pirmą kartą grįžo į savo tėvynę.